Kada su prošla vremena paganstva, kada je kršćanstvo prestalo da bude proganjano i postalo priznato kao svjetska religija, činilo bi se da sve razlike treba riješiti. Ali ponekad su samo Vaseljenski sabori mogli rješavati nastajuće sukobe, pobijati jeretička učenja - nije bilo mira čak ni unutar Crkve.
Prvi Vaseljenski sabor bio je Sabor u Nikeji, sazvan 325. godine. Razlog tome bilo je rašireno učenje aleksandrijskog prezvitera Arija. Njegova suština je bila poricanje identiteta između Boga Oca i Boga Sina. Tvrdio je da je Isusa Krista stvorio Gospod, ali da nije njegova inkarnacija. Takva ideja u osnovi je opovrgla sve dogme kršćanstva, pa je stoga u početku Arijevo učenje odbacilo Pomjesni sabor. Međutim, ponosni prezviter je odbio da prizna odluku Sabora kao legitimnu i nastavio da pridobija vjernike.
Tada je car Konstantin pozvao biskupe iz cijelog svijeta na Vaseljenski sabor u mali grad Nikeju (danas se zove Iznik i nalazi se na teritoriji moderne Turske). Neki od prisutnih predstavnika Crkve imali su tragove mučenja na svojim telima,primljeno u ime pravog hrišćanstva. Biskupi koji podržavaju Arija su također bili prisutni.
Debata je trajala više od dva mjeseca. Za to vrijeme bilo je mnogo diskusija, govora filozofa, pojašnjenja teoloških formulacija. Kako legenda kaže, manifestacija božanskog čuda okončala je svađu. Kao jedinstvo tri principa dao je primjer glinene krhotine: voda, vatra, glina daju jedinstvenu cjelinu. Isto tako, Sveto Trojstvo je u suštini jedan Bog. Nakon njegovog govora, iz krhotine se pojavila vatra, pojavila se voda i nastala je glina. Nakon takvog čuda, Nikejski sabor je konačno odbacio Arijevo lažno učenje, izopćio ga iz Crkve, odobrio Veru i uspostavio 20 pravila crkvene discipline, odredio datum za proslavu Uskrsa.
Ali ovaj Crkveni savjet nije stavio tačku na ovo pitanje. Kontroverza se nastavila veoma dugo. Čak i sada, njihov odjek se još uvijek čuje - arijanstvo je činilo osnovu učenja Jehovinih svjedoka.
Pored sabora iz 325. godine, postojao je i Drugi sabor u Nikeji, koji je sazvala carigradska carica Irena 787. godine. Njegova svrha je bila da se ukine ikonoklazam koji je postojao u to vrijeme. U stvari, carica je dva puta pokušala da sazove Vaseljenski sabor. Ali 786. godine, stražari koji su podržavali ikonoklaste upali su u Hram Svetih apostola u Carigradu, gdje je Sabor počeo sa radom. Sveti oci su morali da se raziđu.
Pribjegavši znatnim trikovima, raspuštanju stare garde, regrutiranju novih trupa, Irina je ipak sazvala Katedralu u787., ali ga je premjestio iz Carigrada u Nikeju. Njegov rad je trajao mesec dana, nakon njegovih rezultata, obnovljeno je poštovanje ikona, dozvoljeno im je u crkvama.
Međutim, ni ovaj sabor u Nikeji nije u potpunosti postigao svoj cilj. Ikonoklazam je nastavio da postoji. Ikonoklastski pokret je konačno poražen tek 843. godine, na Carigradskom saboru.